Biologie

À quoi correspondent ces données ?

Les données de biologie correspondent aux résultats des examens réalisés dans les laboratoires de l’AP-HP.

Tous les résultats disponibles dans l’EDS sont issus du logiciel de biologie GLIMS® où ils ont été validés biologiquement.

À quoi servent ces données ?

Les résultats de biologie constituent un élément essentiel du diagnostic et du suivi clinique.
Dans l’EDS, ils sont utilisés pour :

• identifier des groupes de patients à partir de critères biologiques,

• mener des projets de recherche,

• contribuer au pilotage de certaines activités de laboratoire.

Que contiennent ces données ?

Chaque analyse comprend :

• un type d’examen (ex. glucose, lipase),

• une valeur de résultat : numérique (ex.120) ou textuelle (ex. présence/absence),

• l’unité de mesure (ex. mmol/L),

• des valeurs de référence (quand elles sont disponibles),

• la date et l’heure du prélèvement,

• la date de validation biologique,

• un code ANABIO, qui correspond à l’identifiant unique de l’analyse propre au référentiel interne de l’AP-HP.

• un code LOINC, qui correspond à l’identifiant unique de l’analyse propre au référentiel international LOINC. À noter que 60% des codes ANABIO sont associés à un code LOINC.

D’où viennent les données ?

Les données proviennent du logiciel de biologie GLIMS©, le système d’information de biologie médicale utilisé dans l’AP-HP.

Les données sont intégrées dans l’EDS avec une actualisation quotidienne.

Quelles données sont disponibles dans l’EDS ?

Les données de biologie de l’EDS incluent :

• les données de biochimie,

• les données d’hématologie,

• les données d’immunologie,

• les données sérologiques,

• les données de biologie moléculaire en bactériologie, mycologie, virologie et parasitologie.

 

Elles excluent pour le moment : 

• Les données de culture en bactériologie, mycologie et parasitologie,

• Les données génétiques.

 

Les données sont actuellement disponibles à partir de mars 2020.

Comment sont-elles reliées au patient ?

Les résultats d’examens sont rattachés à un séjour hospitalier (par le Numéro de Dossier Administratif) et à une unité médicale.
Cela permet de les croiser avec d’autres informations comme :

• les actes médicaux réalisés,

• les diagnostics,

• les médicaments prescrits et administrés,

• les documents médicaux produits pendant le séjour,

• etc.

 

Attention, ce rattachement peut être plus difficile à effectuer pour les consultations externes, dont le NDA reste ouvert en continu, ou pour les hospitalisations longues avec transfert entre différents services.

Ce qu’il faut savoir avant de les utiliser

• Évolution du référentiel Anabio
  ANABIO est un référentiel interne de l’AP-HP attribuant à chaque analyse un identifiant unique. Il est aligné sur le référentiel LOINC, mais cet alignement n’est pas encore complet.
  De nouveaux concepts sont régulièrement créés (ex. variants COVID, nouveaux marqueurs).
  Il faut tenir compte de ces évolutions dans les analyses longitudinales.

• Multiplicité des codes pour un même examen
  Une même analyse biologique peut exister sous plusieurs codes ANABIO ou LOINC (normes de référence différentes, automates différents, réactifs différents…).
  Cela peut compliquer la recherche des résultats d’un examen.

• Variabilité inter-hôpitaux
  Les dates de disponibilité diffèrent selon les sites, dépendant du calendrier de déploiement de GLIMS® et du remplacement de systèmes antérieurs (DxLab).

Documentation technique

Les données de l’EDS sont centralisées dans la Base Centrale où elles sont harmonisées, sécurisées avant d’être exploitées.

La structure des tables des données d’imagerie et la liste complète des champs disponibles est présentée dans la documentation de la base centrale (accessible uniquement avec un code APH).

Voir la documentation de la table des analyse Laboratoire