Documents médicaux

À quoi correspondent ces données ?

Les documents médicaux rassemblent l’ensemble des comptes rendus et documents PDF présents dans le logiciel de dossier patient informatisé ORBIS®, hors documents scannés venant de l’extérieur.
Ils constituent une source d’information clinique textuelle et peuvent aujourd'hui être exploités par des méthodes de traitement automatique des langues. 

À quoi servent ces données ?

Les documents médicaux retracent le parcours clinique du patient : hospitalisation, consultation, interventions, examens…
Ils décrivent notamment les étapes de la prise en charge et les décisions médicales.

Dans l’Entrepôt de Données de Santé (EDS), ces données peuvent être utilisées pour :

• la recherche médicale,

• le suivi des patients (au sein de son propre service),

• le pilotage de l’activité médicale.

Que contiennent ces données ?

Pour chaque document, on dispose :

• du type de document (classé selon un sous-ensemble de la nomenclature internationale LOINC),

• du contenu textuel du document, extrait du PDF et nettoyé des éléments périphériques (en-têtes, pieds de page),

• de la date et l’heure de création ou de dernière modification,

• du service producteur,

• du statut de validation du document dans le dossier patient informatisé ORBIS®.

D’où viennent les données ?

Les documents proviennent du logiciel de dossier patient informatisé ORBIS®, et sont mises à jour quotidiennement.

Quelles données sont disponibles dans l’EDS ?

Les données de documents médicaux disponibles dans l’EDS couvrent : 

• l’ensemble des hôpitaux de l’AP-HP utilisant ORBIS®,

• et les principaux types de documents médicaux : comptes rendus, lettres, ordonnances, résultats d’examens, etc. (voir la liste liste à la fin de cette page).

 

Elles excluent pour le moment : 

• les documents scannés, dont le texte n’est pas exploitable,

• les transmissions infirmières,

• les données de l’hôpital européen Georges-Pompidou (HEGP).

Comment sont-elles reliées au patient ?

En pratique clinique, chaque document est relié  à un séjour hospitalier (par le Numéro de Dossier Administratif).
Cela permet de les croiser avec d’autres informations comme :

• les diagnostics,

• les actes,

• les résultats d’analyses de biologie,

• les médicaments,

 

Attention, ce rattachement peut être plus difficile à effectuer pour les consultations externes, dont le NDA reste ouvert en continu, ou pour les hospitalisations longues avec transfert entre différents services.

Pseudonymisation des documents

Le contenu textuel des documents est soumis à un processus de pseudonymisation automatique pour protéger l’identité des patients.
Ce traitement vise à supprimer ou remplacer les éléments identifiants (nom, prénom, adresse, numéro d’identification, etc.).
Ce traitement n’est pas complètement exhaustif : certains champs peuvent ne pas être détectés.

Les documents non pseudonymisés restent accessibles uniquement aux cliniciens dans le cadre du soin direct.

Voir l’article dédié : Development and Validation of a Natural Language Processing Algorithm to Pseudonymize Documents in the Context of a Clinical Data Warehouse.

Ce qu’il faut savoir avant de les utiliser

• Historique variable
  Le logiciel ORBIS® n’a pas été déployé dans tous les hôpitaux à la même période. Les documents ne sont donc pas disponibles depuis la même date pour tous les établissements. Même au sein d’un même hôpital, l’ancienneté et la complétude des documents varient selon les services et la date de mise en place d’ORBIS®.

• Fiabilité de la classification
  Le type de document n’est pas une information native du PDF mais le résultat d’un algorithme qui attribue une classe LOINC. La classification est globalement fiable, avec un score moyen de 94 %, mais certains documents peuvent être mal classés et les marges d’erreur sont plus importantes pour certains types spécifiques.

Documentation technique

Les données de l’EDS sont centralisées dans la Base Centrale où elles sont harmonisées, sécurisées avant d’être exploitées.

La structure des tables de diagnostics et la liste complète des champs disponibles est disponible dans la documentation de la base centrale (accessible uniquement avec un code APH).

Voir la documentation des comptes rendus médicaux

Détails des typologies de documents disponibles

Cette section présente la liste des typologies de documents disponibles dans l’EDS, avec leur code LOINC de référence :

Nom d'usage du type de document	Classe	LOINC
Document importé manuellement	DOC-IMPOR	60591-5
Document sans type	INCONNU	60591-5
Ordonnances	ORDO	57832-8
Document scanné	DOC-SCAN	60591-5
Comptes Rendus Autres	CR-AUTRE	-
Comptes Rendus Examens	CR-EXAM	-
Comptes Rendus Hospitalisation	CRH	-
Lettres	LT	-
Comptes Rendus Consultation	CR-CONS	11488-4
CR Anatomopathologie	CR-ANAPATH	11526-1
CR Réunion de concertation pluridisciplinaire (RCP)	CR-RCP	34794-8
CR Réunion de concertation pluridisciplinaire (RCP)	CR-RCP	34794-8
CR Anesthésie	CR-ANESTH	77436-4
CR Staff médical	CR-STAFF	75494-5
CR Bilan pré-opératoire	CR-BPREOPER	34876-3
CR Bilan post-opératoire	CR-BPOSTOPER	34875-5
CR Opératoire	CR-OP	34874-8
CR Nutrition / diététique	CR-NUTRI	84284-9
CR Accouchement	CR-ACCOU	15508-5
CR Urgence	CR-URG	15507-7
CR Intervention SAMU	CR-SAMU	67796-3
CR Dialyse	CR-DIALY	87238-2
CR Acte thérapeutique	CR-ACTE-THER	78320-9
CR Hospitalisation à domicile (HAD)	CR-HAD	75503-3
CR Bilan fonctionnel	CR-BILFONC	47420-5
CR Téléconsultation	CR-TELECONS	85208-7
CR Consultation d'ophtalmologie	CR-CONS-OPH	34807-8
CR Consultation d'anesthésie	CR-CONS-ANESTH	34749-2
CR Imagerie médicale	CR-IMAG	18748-4
CR Imagerie médicale	CR-IMAG	18748-4
CR Imagerie médicale	CR-IMAG	18748-4
CR Imagerie médicale	CR-IMAG	18748-4
CR Imagerie médicale	CR-IMAG	18748-4
CR Endoscopie digestive	CR-ENDO-DIG	18751-8
CR Anuscopie	CR-ANUSC	28028-9
CR Rectoscopie	CR-RECTO	18753-4
CR Coloscopie	CR-COLO	18746-8
CR Bronchoscopie	CR-BRONC	18744-3
CR Électroencéphalogramme (EEG)	CR-EEG	11523-8
CR Explorations fonctionnelles respiratoires (EFR)	CR-EFR	58477-1
CR Biologie	CR-BIOLO	11502-2
CR Actes diagnostiques	CR-ACTES-DG	70004-7
CR Échographie cardiaque	CR-ECHO-COEUR	78199-7
CR Doppler membres inférieurs	CR-DOP-MI	72830-3
CR Bilan urodynamique (BUD)	CR-BUD	78622-8
CR Échographie obstétricale	CR-ECHO-OBS	12129-3
CR Coronarographie	CR-CORO	76640-2
CR Électrocardiogramme (ECG)	CR-ECG	11524-6
CR Hospitalisation de jour (HDJ)	CRH-HDJ	34112-3
CR Hospitalisation de semaine (HDS)	CRH-HDS	34112-3
CR Hospitalisation complète	CRH-HC	11490-0
CR Hospitalisation chirurgie	CRH-CHIR	34848-2
CR Hospitalisation GHR	CRH-GHR	100602-2
CR Séjour de courte durée (SDC)	CRH-SDC	100602-2
Lettre de sortie	LT-SOR	11490-0
Certificat	CERTIF	89601-9
Lettre de transfert	LT-TRANSF	18761-7